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培養要求不同；
制藥工程專業學生主要學習有機化學、物理化學、化工原理、藥物合成化學、制藥工藝學、藥物化學、藥理學、藥劑學、生物化學等方面的基本知識和基本理論，受到化學與化工實驗技能、工程實踐、計算機應用、科學研究與工程設計方法的基本訓練，具有從事醫藥產品的開發與生產的基本能力。
生物制藥專業學生應掌握生物化學、生化分離分析技術、生物技術及工業藥劑學等方面的基本理論知識和專業技能，受到生物制藥研究和生產技術的基本訓練，具有對藥品的新資源、新產品、新工藝進行研究、開發和設計的初步能力。
畢業去向不同；
制藥工程專業畢業后可到制藥工程（或醫藥生物技術）領域相關的生產企業、營銷企業、科研院所、藥品監督管理部門等企、事業單位從事藥品生產、管理、營銷、檢驗監督和研發等工作。也適于報考生物技術、藥學及相關專業的研究生。
生物制藥專業從現今情況看從事生物醫藥產品研究與開發的人才嚴重不足，已成為制約我國生物醫藥產業發展的瓶頸，因此該專業的就業前景非常好，畢業生可從事生物藥物的資源開發、產品研制、生產、技術管理、質量控制等工作。
由于醫學工程師覆蓋的領域比較多，用人單位的情況和每個人的學歷、能力都有不同，所以這一職業的薪資有很大的彈性，一般大學畢業生月薪在3000元左右。
生物化學及生物化學實驗，藥品與生物制品檢驗，發酵工程，生物制藥工藝學，生物技術制藥，藥劑學及藥劑學實驗，藥理學及藥理學實驗，分子生物學及分子生物學實驗等
生物制藥專業畢業生可從事生物藥物的資源開發、產品研制、生產、技術管理、質量控制等工作。學生畢業后主要在制藥、新能源、醫療設備等行業工作。
思想政治理論，微生物學，植物學，細胞生物學等
細胞生物學，醫學免疫學，生化制藥學，生理學(人體解剖生理學)，藥學生物制品學等
生物制藥專業培養具備扎實的生物技術和藥學基礎理論、基本知識，熟練掌握現代生物技術和制藥技術的常用實驗流程，初步了解生物技術制藥企業生產和銷售環節的流程，能夠勝任現代生物技術實驗室和生物技術制藥企業崗位基本要求的德、智、體、美全面發展的技術應用型高級實用人才。
生物制藥專業是理科，但還是有很多東西是要背的。所以也有很多學校是文理兼收的情況，具體招收文理科學生還是以所報院校的招生計劃和要求為主，一些標準都會有詳細的說明，高考生在報考之前一定要了解清楚。
生物制藥專業特色是生物制藥已成為國際和國內增長最快的行業之一，21世紀是生物技術的世紀，生物制藥已成為偵破中國高新技術發展的重點。雖然經過多年的發展，中國生物醫藥產業已經有了一個良好的基礎，但是與世界先進國家的生物醫藥產業相比，中國生物醫藥產業還存在不少差距。中國生物醫藥產業的發展從科研到產業化，將是一條艱難的路。從國家到地方各級政府不斷加大力度支持生物醫藥產業的發展。到2020年，中國將基本實現工業化，建成完善的社會主義市場經濟體制和更具活力、更加開放的經濟體制。同時社會保障體系比較健全，將形成比較完善的現代醫療衛生體系。這兩個因素將為生物醫藥產業創造巨大的市場空間和良好的發展環境。
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